06.06.1944 r. z polecenia rzadu wspieranego przez Nuncjusza Apostolskiego sympatyzującego z brazylijskimi faszystami, biskup Costa został uwieziony w Belo Horizinte, gdzie oskarżono go o sympatie z komunistami. Biskup Costa został uwolniony 06 września 1944 roku dzięki interwencji Brazylijskiego Stowarzyszenia Prasy, rzadu Meksyku oraz ONZ.
Mimo ostrzezen z rzymskiej administracji apostolskiej, biskup Costa dalej bronił wiary chrześcijańskiej, robotników, oraz swojej ojczyzny przed faszystami i nazistami działającymi w Kościele i jego hierarchii.
Watykan rozwścieczony działaniem bp. Carlosa Duarte Costy nałożył na niego karę ekskomuniki w dniu 02 lipca 1945 roku.